Zwierzyniec był początkowo niewielką wsią, rozwijającą się pod koniec XVI w. w dolinie Wieprza, na terenach włączonych do Ordynacji Zamojskiej. Rozwijająca się osada przejęła nazwę od pobliskiego dworu myśliwskiego i „zwierzyńca”, tj. terenu ogrodzonego parkanem z fosą, do którego Zamoyscy sprowadzili żubry, łosie, jelenie, sarny, daniele oraz dzikie koniki leśne – tarpany.

W XVII w. przyjeżdżali tu na polowania m.in. królowie: Jan Kazimierz, Władysław IV i Michał Korybut Wiśniowiecki. W późniejszym okresie drewniany dwór został przebudowany na okazałą rezydencję, otoczoną parkiem, stawem i kanałami, w której w latach 1658–1661 i 1663–1665 mieszkała Maria Kazimiera de la Grange, późniejsza Marysieńka Sobiecka. Po wzniesieniu przez Zamoyskich w latach 1744–1746 pałacu w Klemensowie, Zwierzyniec stracił swe dawne znaczenie.

W latach 1773–1775 działała tu manufaktura ceramiczna produkująca fajanse, zaś w latach 1772–1774 – fabryka mydła. Na początku XIX w. Zwierzyniec przeżywał lata świetności, stając się administracyjnym centrum Ordynacji. Powstały tu wówczas: młyn, tartak i drukarnia. W 1804 r. zbudowano browar zwierzyniecki oraz pierwszy na ziemiach polskich zakład metalurgiczny wytwarzający narzędzia rolnicze i browarnicze. Wraz z rozwojem przemysłu w osadzie i jej okolicach zaczęli osiedlać się Żydzi. W 1833 r. w Zwierzyńcu założono gorzelnię oraz wytwórnię likierów, jednakże oba te zakłady zamknięto po pożarach budynków w latach 1851 i 1875.

Pod koniec XIX w. działała tu także fabryka wyrobów drzewnych i posadzek, a później mebli oraz stolarnia produkująca powozy. Po pierwszym rozbiorze w 1772 r. Zwierzyniec znalazł się w zaborze austriackim, w 1807 r. stał się częścią Księstwa Warszawskiego, zaś w r. 1815 – został włączony w skład Królestwa Polskiego.

W czasie okupacji Niemcy utworzyli w Zwierzyńcu obóz przejściowy dla osób wysiedlanych z terenów Zamojszczyzny. Odbywały się tu selekcje ludności polskiej, kierowanej stąd do obozów koncentracyjnych lub na roboty do Niemiec, a także selekcje dzieci przeznaczonych do germanizacji. W osadzie działał też obóz pracy dla Żydów. W październiku 1942 r. Żydzi ze Zwierzyńca i Rudki zostali wywiezieni do obozu zagłady w Bełżcu. W czasie działań wojennych osada została niemal całkowicie zniszczona.

Obecnie Zwierzyniec noclegi oferuje liczne miejsca noclegowe na Roztoczu.

Położony u zbiegu Świerszcza i Wieprza Zwierzyniec to ciche i spokojne miasteczko, będące bramą do Roztoczańskiego Parku Narodowego. Główne atrakcje Zwierzyńca znajdują się w południowej części miasta. Najbardziej rozpoznawalnym zabytkiem jest położony na wysepce kościół św. Jana Nepomucena.

Lokalną ciekawostką są zwierzynieckie pomniki. Zwierzyniec noclegi chlubi się tym, że ma najwięcej pomników w przeliczeniu na jednego mieszkańca. Do najciekawszych i najosobliwszych należą przeniesiony z Hamerni pomnik szarańczy, upamiętniający walkę z plagą tego owada w 1711 roku, oraz kamień w kształcie rzymskiego sarkofagu, pod którym – według legendy – pogrzebano ukochanego psa królowej Marysieńki.